中国新疆航空公司组建于1985年1月1日，是民航总局直属航空运输企业，公司总部在乌鲁木齐地窝堡国际机场，同时管理新疆区内机场和航站，共11个，在江苏常州开设基地。形成以乌鲁木齐为中心的枢纽-辐射式营运网。代码：二字代码xo；三字代码CXJ。

　　新疆航空公司机队拥有3架伊尔-86，4架伊尔-96，2架波音737-300，9架波音757，6架图-154M（2001年全部退役），5架ATR。开辟有5O多条国内航线和5条国际航线。1998年完成总周转量2.9亿吨公里，客运量134万人次，货运量2.7万吨。

　　新疆航空公司其前身最初是1955年成立中国民用航空乌鲁木齐管理处。1959年到1984年，为中国民航新疆维吾尔自治区管理局。1985年，中国民用航空乌鲁木齐管理局、新疆航空公司成立，实行政企合一体制。2001年12月，根据中国民航体制改革要求，新疆航空公司与民航乌鲁木齐管理局分立，成为独立运作的市场主体。